A Comissão Própria de Avaliação (CPA) é parte integrante do Sistema Nacional de Avaliação da Educação Superior e é responsável pela condução dos processos de avaliação internos da instituição, de sistematização e de prestação das informações solicitadas pelo INEP. Daí decorre o papel fundamental da CPA na elaboração e desenvolvimento de uma proposta de autoavaliação, em consonância com a comunidade acadêmica e os conselhos superiores da instituição. A CPA é um órgão com atuação autônoma em relação aos conselhos e demais órgãos colegiados existentes na instituição de educação superior e tem por princípio e finalidade contribuir para a melhoria contínua da instituição em todos os seus aspectos. Cabe a CPA um olhar crítico e independente sobre a IES, com vista à sua constante melhoria.
A FAMEF possui e desenvolve seu projeto de autoavaliação institucional adequando-se às determinações da Lei Federal nº. 10861/2004 – Sistema Nacional de Avaliação da Educação Superior SINAES, que determina que as instituições de ensino superior constituam suas Comissões Próprias de Avaliação (CPA) para a realização da autoavaliação institucional.
A atual CPA está composta por oito membros designados por Resolução do CONSU, na qual há um Coordenador, um representante do corpo docente EaD, um representante do corpo técnico administrativo EaD, um representante do corpo docente presencial, um representante do corpo técnico administrativo presencial, dois representantes da sociedade civil organizada e um discente.